При реализации нацпроекта «Образование» в Сибири не во всех школах своевременно установили систему контент-фильтрации, чтобы закрыть доступ учащихся к экстремистским и порносайтам. Выявлены и нарушения при начислении денежного вознаграждения за классное руководство педагогическим работникам, при организации питания детей и их перевозке на школьных автобусах. В рамках нацпроекта «Здоровье» пришлось восстанавливать права медработников фельдшерско-акушерских пунктов на получение дополнительных выплат. Пресечены нарушения закона и при закупках оборудования в больницы. По данным «БК55», расследуется дело о нарушениях при закупках томографов в областные больницы. При реализации национального проекта «Доступное и комфортное жилье – гражданам России» часто местные чиновники незаконно  отказывают ветеранам и членам их семей в постановке на учет, предоставлении субсидии на строительство или покупку жилья, а также неправомерно исключают их из списков нуждающихся в улучшении жилищных условий.

При осуществлении надзора за реализацией нацпроекта «Развитие агропромышленного комплекса» местные власти не контролируют сроки перечисления денег и их целевое использование.  Наибольшее количество нарушений в Сибири выявлено прокурорами в Омской области (5456), в оказавшемся на втором месте Красноярском крае нарушений на тысячу меньше (4319).

В 2011 году в округе возбуждено 326 уголовных дел о преступлениях, совершенных в сфере реализации федеральных целевых программ. Общий ущерб от этих преступлений составил более 1, 2 млрд. рублей, сообщает пресс-служба облпрокуратуры.